Systématique des procaryotes (Bactéries et Archaea)

Abstract

La taxonomie bactérienne, qui se définit comme l’étude des relations qui existent entre les bactéries, englobe leur classification, leur nomenclature et leur identification. Ces trois parties consistent à établir des taxons, groupes bactériens présentant des caractères communs, qui devront être nommés et identifiés sur la base de critères définis. Ces dernières années ont vu la création de très nombreuses nouvelles espèces, de nouveaux genres et même de nouvelles familles, ordres voire classes de bactéries. Par ailleurs, l’utilisation d’outils plus performants a mené à la reclassification d’espèces ou de genres déjà connus et de nombreux grands remaniements taxonomiques restent à venir. Cette classification des microorganismes est une discipline majeure permettant de rendre intelligible l’immense diversité de ces derniers, de développer des procédures systématiques pour leur identification et de mettre en place une nomenclature informative. L’identification, c’est à dire l’affiliation d’une bactérie à une espèce donnée, reste un des aspects les plus délicats. Une classification et une nomenclature fiables et actualisées sont indispensables aux microbiologistes pour identifier et différencier les microorganismes. Il faut donc adapter les outils et les méthodes de classification aux méthodes d’identification. A l’heure actuelle, des outils moléculaires sont utilisés en complément des méthodes phénotypiques pour identifier les bactéries. Cette approche mixte devra s’appuyer sur une taxonomie tenant compte de caractères moléculaires et phénotypiques, appelée taxonomie mixte et consensuelle (anciennement taxonomie polyphasique).